Governo-Geral

Na realidade, a instalação do governo-geral em 1548 possibilitou ao Rei de Portugal um maior controle sobre a colônia e sobre os capitães-donatários, que tinham grande autonomia de governo. O governo-geral era constituído por um governador-geral, o ouvidor-mor e o capitão-mor (Responsável pelas terras). Apesar da instalação do governo-geral, o sistema das capitanias não foi extinto. No entanto, o capitão-donatário ficava submetido agora ao governador-geral.

O primeiro governador-geral foi Thomé de Souza (1549-1553), que incentivou a colonização e construção de cidades. O segundo foi Duarte da Costa (1553-1558), que permitiu a entrada para o interior aos jesuítas na capitania de Sâo Vicente, dando origem às vilas de São Paulo e Santo André e iniciando a exploração do interior.

Duarte da Costa também enfrentou as invasões francesas que chegaram a fundar a França Antártica no Rio de Janeiro. O terceiro governador-geral foi Mem de Sá (1558-1572), que fortaleceu definitivamente o sistema colonial, o monopólio português e expulsou definitivamente os franceses do Brasil, o que não foi muito fácil, pois os franceses aliaram-se aos índios tamoios, que também resistiram à colonização. Mem de Sá também dividiu o governo-geral: um no Rio de Janeiro e outro em Salvador.